按你的描述，应该是出中国边检时使用了港澳通行证（通行证去香港无须查验机票），然后直接到香港机场，没有入境香港，而是用加拿大护照直飞加拿大。
进出中国最好使用同一证件，理论上使用港澳通行证出境最好使用通行证入境，所以如果你想保留中国护照最好使用通行证入境中国。但你要做好准备，如何回复入境中国时边检询问你为何在香港逾期逗留了好几个月的问题。
其实正确的做法应该是出境中国时使用中国护照，然后在香港不入境直接乘机前往加拿大。港澳通行证是往来内地和港澳之间的证件，不应该使用在中国经香港前往加拿大。这样造成的后果就是将来返回中国时无法解释如何在香港逾期逗留。
至于香港则完全不用担心，你根本没有入境香港无需面对香港入境处。即使需要入境香港使用通行证或加拿大护照均可，注意进出同一本证件就可以。