哲人有云:“没有正义的地方没有自由,没有自由的地方也就没有正义。”蔡元培两次最著名的辞职,诞生了两篇杰出的宣言:《关于不合作宣言》和《不愿再任北京大学校长的宣言》,前者为了正义,后者为了自由。他1919年6月15日发布的《不愿再任北京大学校长的宣言》中说:“我绝对不能再作不自由的大学校长:思想自由,是世界大学的通例。德意志帝政时代,是世界著名专制的国家,他的大学何等自由。那美、法等国,更不必说了。北京大学,向来受旧思想的拘束,是很不自由的。我进去了,想稍稍开点风气,请了几个比较的有点新思想的人,提倡点新的学理,发布点新的印刷品,用世界的新思想来比较,用我的理想来批评,还算是半新的。在新的一方面偶有点儿沾沾自喜的,我还觉得好笑。那知道旧的一方面,看了这点半新的,就算‘洪水猛兽’一样了。又不能用正当的辩论法来辩论,鬼鬼祟祟,想借着强权来干涉。于是教育部来干涉了,国务院来干涉了,甚而什么参议院也来干涉了,世界有这种不自由的大学么?还要我去充这种大学的校长么?”(见《蔡元培全集》第3卷第632页)“独立之精神、自由之思想”,在这里纤毫毕现。