巴斯德研究所：法国新冠病毒并非直接来自中国
2020-04-30 17:30:36 来源: 科技日报 作者: 李宏策
科技日报记者 李宏策
4月28日，巴斯德研究所发布新闻公告，该所已完成“法国输入性与早期传播病毒的朔源分析”相关研究，研究结果于近日以预发表发布在bioRxiv.org网站。根据该研究，法国暴发的新冠肺炎疫情并不是由1月份来自中国的输入病例引起的，也并非来自意大利，而是来自一种在当地传播的来源不明毒株。该研究由法国国家呼吸道感染病毒参考中心主任西尔维·范·德维尔和巴斯德研究所RNA病毒进化基因组学负责人埃蒂安·西蒙·洛里埃共同牵头。
根据巴斯德研究所提供的新闻稿，继去年12月武汉市出现新冠肺炎疾病后，法国于1月10日开始病毒监测，由巴斯德研究所和法国呼吸病毒研究所（NRC）负责启动密切关注流程。法国于1月24日发现首例新冠病毒感染者，这也是欧洲首例新冠肺炎患者，另有其他两例中国输入性病人也很快被检测和收治。法国政府迅速采取措施，追踪了这些患者的密切接触者，阻止了病毒的进一步传播。1月份的中国输入病例没有在法国引发局部传播，显示出法国采取预防病毒扩散系列措施的有效性。
法国采集的新冠病毒样本均储存在国家呼吸病毒研究所，巴斯德研究所RNA病毒进化基因研究组对97份法国病毒样本进行了基因测序与比对。样本主要为鼻咽拭子和痰液，采样时间为1月24日至3月24日。法国该阶段确诊病例22302人，死亡1100人，疫情主要流行于法国北部。全部样本均采自于有临床症状的确诊患者，同时将籍贯、旅行史、发病时间、病毒载量和采样部位纳入基因比对内容。另有3份来自阿尔及利亚病毒样本。
图1. 法国3月疫情主要地区分布图。
图2. 法国新冠肺炎样本单核酸多态性发生部位比较图
根据欧洲精准医疗平台首席科学家鞠丽雅对该溯源研究的解读，图中显示：
1）取自法国东南部并有意大利旅行史的病毒株（GE1583，B2340）与法国北部的不同，但和意大利北部流行株类似，而且没有在法国流行；
2）法国首例武汉患者（IDF0372），其单核酸多态性 G22661T是独有的，与法国的所有病毒基因不同；
3）法国北部地区的代表性病毒基因为 GE1973 （东大地区）， IDF2849（大巴黎地区） 和 N2223 （诺曼底地区）；
4）有欧洲旅行史的代表基因为 IDF2792；
5）3份取自阿尔及利亚的病毒株与法国北部流行株同源。
巴斯德研究所将法国检测的样本序列与全球共享流感数据倡议组织（ GISAID）发布的338份新冠肺炎病毒序列进行比对和溯源分析，并建立病毒进化树图谱。对比研究表明，法国流行的新冠病毒和1月发现的中国输入感染病毒并非来自同一毒株，两种病毒来自同一个“祖先”，但属于不同的分支。导致法国本地疫情的主流分支，和来自中国和意大利的输入病例都不相同。法国现今流行的病毒样本中，最早一个样本是2月19日从一名患者身上采集的，该患者没有国内外旅行史，也没有和海外归国的旅行者接触过。该患者于2月25日去世，随后法国出现大规模疫情潮。
2020-04-30 17:30:36 来源: 科技日报 作者: 李宏策
科技日报记者 李宏策
4月28日，巴斯德研究所发布新闻公告，该所已完成“法国输入性与早期传播病毒的朔源分析”相关研究，研究结果于近日以预发表发布在bioRxiv.org网站。根据该研究，法国暴发的新冠肺炎疫情并不是由1月份来自中国的输入病例引起的，也并非来自意大利，而是来自一种在当地传播的来源不明毒株。该研究由法国国家呼吸道感染病毒参考中心主任西尔维·范·德维尔和巴斯德研究所RNA病毒进化基因组学负责人埃蒂安·西蒙·洛里埃共同牵头。
根据巴斯德研究所提供的新闻稿，继去年12月武汉市出现新冠肺炎疾病后，法国于1月10日开始病毒监测，由巴斯德研究所和法国呼吸病毒研究所（NRC）负责启动密切关注流程。法国于1月24日发现首例新冠病毒感染者，这也是欧洲首例新冠肺炎患者，另有其他两例中国输入性病人也很快被检测和收治。法国政府迅速采取措施，追踪了这些患者的密切接触者，阻止了病毒的进一步传播。1月份的中国输入病例没有在法国引发局部传播，显示出法国采取预防病毒扩散系列措施的有效性。
法国采集的新冠病毒样本均储存在国家呼吸病毒研究所，巴斯德研究所RNA病毒进化基因研究组对97份法国病毒样本进行了基因测序与比对。样本主要为鼻咽拭子和痰液，采样时间为1月24日至3月24日。法国该阶段确诊病例22302人，死亡1100人，疫情主要流行于法国北部。全部样本均采自于有临床症状的确诊患者，同时将籍贯、旅行史、发病时间、病毒载量和采样部位纳入基因比对内容。另有3份来自阿尔及利亚病毒样本。
根据欧洲精准医疗平台首席科学家鞠丽雅对该溯源研究的解读，图中显示：
1）取自法国东南部并有意大利旅行史的病毒株（GE1583，B2340）与法国北部的不同，但和意大利北部流行株类似，而且没有在法国流行；
2）法国首例武汉患者（IDF0372），其单核酸多态性 G22661T是独有的，与法国的所有病毒基因不同；
3）法国北部地区的代表性病毒基因为 GE1973 （东大地区）， IDF2849（大巴黎地区） 和 N2223 （诺曼底地区）；
4）有欧洲旅行史的代表基因为 IDF2792；
5）3份取自阿尔及利亚的病毒株与法国北部流行株同源。
巴斯德研究所将法国检测的样本序列与全球共享流感数据倡议组织（ GISAID）发布的338份新冠肺炎病毒序列进行比对和溯源分析，并建立病毒进化树图谱。对比研究表明，法国流行的新冠病毒和1月发现的中国输入感染病毒并非来自同一毒株，两种病毒来自同一个“祖先”，但属于不同的分支。导致法国本地疫情的主流分支，和来自中国和意大利的输入病例都不相同。法国现今流行的病毒样本中，最早一个样本是2月19日从一名患者身上采集的，该患者没有国内外旅行史，也没有和海外归国的旅行者接触过。该患者于2月25日去世，随后法国出现大规模疫情潮。
