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2003年4月3日,时任卫生部长张文康公开称北京市“只有12例非典,死亡3例。中国的非典已得到有效控制”,蒋彦永得悉言论后在翌日把掌握到的真实情况──包括他身处的301医院与302医院、309医院的确诊和疑似病例告诉给两家媒体(央视国际频道与香港凤凰卫视)反映未果,四天后美国媒体《华尔街日报》与《时代周刊》得悉后主动找到蒋,蒋透过接受访问从而把国内疫情公开,因而引发舆论之重视,中国政府公开了SARS防治工作的情况;同月世界卫生组织专家来华调查疫情,病例数字与蒋彦永掌握的基本相似,并引起中共中央政治局高层重视,促进全面公布病例数字之余,并同时免去张文康与孟学农职务。
2004年8月,蒋彦永荣获菲律宾的麦格塞塞公共服务奖。据官方网站报导,蒋彦永“勇于揭露SARS疫症真相,从而拯救了不少生命”。