日本国内的教科书并非由政府编写,而是由多家民间出版社自由编写、出版的,再由一地区教育委员会(公立)或学校(私立)自行选择采用哪个版本。文部科学省四年一次审查上呈检定的教科书。这种方式原意是让国民有更多参与教育的权利,避免政府藉教育之名操控国民思想;同时能防止内容严重偏颇的书籍以“教科书”名义出版。不过,这种审查制度也被指违反《日本国宪法》“保障国民拥有言论与学术自由”的权利。
1982年7月,当时的文部省审查通过某些出版社的高中历史教科书修订版,其中内容被指淡化侵略行为,引来中国、韩国等邻国不满。2005年度送交文部科学省检定的教科书,经审议修正后获全数通过,包括了具争议性、由新历史教科书编撰会(日语:新しい歴史教科書をつくる会)主编、扶桑社发行的《新历史教科书》及《新公民教科书》。此举引起以中国、韩国为主的邻国及日本一些民间团体、部分教育界人士不满。
2005年6月12日,《朝日新闻》报道,日本文部科学大臣中山成彬表示“日本当时根本就没有‘随军慰安妇’这个词语,……教科书将错误的东西删除,是件好事”,并指称:日本的教育制度过度强调“日本是坏的国家”,是“自虐史观”的教育。日本爱媛县市民团体为要求该县政府和该县教育委员会不将扶桑社出版的《新历史教科书》及《新公民教科书》列入采用名单,因而向松山地方裁判所提出申请,请求下达临时禁令停止使用该些教科书。但松山地方裁判所于2005年8月11日驳回了这项申请。2005年8月12日,日本东京都杉并区教育委员会决定,将从2006年春季起使用扶桑社出版的《新历史教科书》作为中学历史教科书,该区23所区立中学(约6,400名学生)此后4年都将使用这一教科书。栃木县大田原市以及东京都立完全中学等,也已决定采用该教科书。